Lietuvoje aptinkamas Eurazinis didžiojo kormorano (Phalacrocorax carbo sinensis) porūšis. Lietuvoje jie paplitę nevienodai ir didesnėjėje šalies dalyje jie negyvena arba labai reti, tačiau didelė didžiųjų kormoranų kolonija yra Juodkrantėje, bei Nemuno deltos regione. Nuo 1991 metų didieji kormoranai atsirado Aukštaitijos nacionaliniame parke, bet vasarą negausūs, didesnį jų būriai čia pasirodo rudenį prieš migraciją. Stebėti kai kuriuose kituose Lietuvos ežeruose, tvenkiniuose. Atskrenda kovą-balandį.